Büyük Menderes Nehri'nin Latmos körfezinde denize döküldüğü yıllarda Herakleia, Ege Denizi'nde küçük bir liman kentiydi. Harita İÖ 400 yıllarında Bafa Gölü'nün Ege Denizi'n bir parçası olduğunu gösteriyor.
Nehrin taşıdığı alüvyonlarla körfezin iki ucu zamanla birbirine yaklaştı ve birleşti. Yaklaşık 300 kilometre karelik bir alan dolmuştur. Bu şekilde içerde oluşan göle yöredekiler Bafa Gölü adını verdiler.
Bugün bile suları kısmen tuzlu olduğu için sazan, yayın, sarıbalık, kızılkanat ve kefal gibi balıklar bulunmaktadır.
Kuş varlığı yönünden de son derece zengin olan gölde, pek çok kuş türü yaşamaktadır. Nesli tükenme tehlikesinde olan cüce karabatak ve deniz kartalı bu gölde kuluçkaya yatıyor. Kışın yüzbinlerce ördek ve su kuşu tarafından beslenme ve barınma yeri olarak kullanılıyor.
Göl ekolojik yönden bol gıdalı bir özellik arz ediyor. Bu nedenle saz toplulukları, ılgın, söğüt ve kındıra toplulukları bulunuyor. Gölün çevresi zeytinliklerle çevrili.