Tüm orta dereceli okullarda olduğu gibi Köy Enstitülerinde de fen bilgisi dersleri okutuluyordu. Fen bilgisi dersi; tabiat bilgisi (biyoloji), fizik ve kimyayı kapsıyordu. Diğer derslerde olduğu gibi fen bilgisinde de eğitim, kuramsal değil; uygulamalıydı. Yaşama uymayan, yapılan deneylerle kanıtlanmayan bilgi, bu okullarda değer taşımazdı.